L’organització i el funcionament és similar al d’un institut, cada professor imparteix dues àrees curriculars a tots els alumnes de l’ESO, i els alumnes s’agrupen, segons el nivell escolar, en grups homogenis o heterogenis segons els continguts a treballar.

Igual que a l’etapa de primària, es treballa des de l’enfoc constructivista de l’ensenyament-aprenentatge, dotant  les activitats de la màxima significació i  funcionalitat.